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基因组重测序
低深度重测序
低深度重测序
简要概述
全DNA组低强度重测序(Low coverage WGS,LcWGS)指的是用较低强度(~1×)的重测序的信息进行隐性人类什么是什么是基因进化分析,在这之后实现DNA型补充,将低硬度的信息补充为高硬度DNA型的信息。LcWGS 不能不系统软件设计规划,测序成本费用低,就可以得到全DNA组隐性人类什么是什么是基因进化,更有助于大范围样表的特性位置定位及 GS 生物育种广泛应用。
应用场景
01. 性状定位
动植物全基因组关联分析
02. 遗传评估
动植物全基因组选择育种
技术优势
  • 变异信息
    丰富
    可收获全染色体组的显性基因变种
  • 高性价比
    以不高的测序的损坏后可及时更换,赚取高密集度单位的标示,探测效果高
  • 大群体
    样本检测
    应使用于大团体的DNA型查测及研发
  • 分型
    准确性高
    基本概念注射梯度下降法,分几型精确率会达98%
技术流程
优秀案例
低深度重测序--猪胴体分割性状及形态性状的遗传解析与基因组预测
本研究测定了长白、大白、长大二元以及杜长大三元猪4个群体的2,012头猪的17个分割肉性状和14个胴体性状。使用单倍型GWAS分析和基于基因型填充数据的GWAS分析分别鉴定到14个和112个与胴体分割性状极显著相关的QTLs。利用“中芯一号”芯片检测数据和基因型填充数据对这四个不同群体的分割肉性状和胴体性状进行全基因组选择研究。比较不同基因型数据、不同群体、以及不同预测模型对基因组预测准确性的影响。
图1 GWAS物理性质确定及GS报告有点
参考文献
Xie, L., Qin, J., Rao, L., Cui, D., Tang, X., Chen, L., Xiao, S., Zhang, Z., & Huang, L. (2023). Genetic dissection and genomic prediction for pork cuts and carcass morphology traits in pig. Journal of animal science and biotechnology, 14(1), 116.
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