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基因组重测序
低深度重测序
低深度重测序
简要概述
全染色体组低层次重测序(Low coverage WGS,LcWGS)指的是依据较低层次(~1×)的重测序资料使用基因的基因进化分析,后会依据染色体型填冲,将低回声结节计算资料填冲为高规格计算染色体型资料。LcWGS 暂时无法体系的开发,测序成本费低,才可以想要高效率的获取到全染色体组基因的基因进化,更有帮助于大企业规模模本的特性定位系统及 GS 选育用。
应用场景
01. 性状定位
动植物全基因组关联分析
02. 遗传评估
动植物全基因组选择育种
技术优势
  • 变异信息
    丰富
    可得到 全基因遗传基因组的基因遗传遗传变异
  • 高性价比
    以很低的测序料工费低,兑换高导热系数的标志,加测速率高
  • 大群体
    样本检测
    适用性于大群的什么是基因型测试及论述
  • 分型
    准确性高
    由于填色百度算法,临床诊断精确率可以达到98%
技术流程
优秀案例
低深度重测序--猪胴体分割性状及形态性状的遗传解析与基因组预测
本研究测定了长白、大白、长大二元以及杜长大三元猪4个群体的2,012头猪的17个分割肉性状和14个胴体性状。使用单倍型GWAS分析和基于基因型填充数据的GWAS分析分别鉴定到14个和112个与胴体分割性状极显著相关的QTLs。利用“中芯一号”芯片检测数据和基因型填充数据对这四个不同群体的分割肉性状和胴体性状进行全基因组选择研究。比较不同基因型数据、不同群体、以及不同预测模型对基因组预测准确性的影响。
图1 GWAS特性准确定位及GS毕竟更
参考文献
Xie, L., Qin, J., Rao, L., Cui, D., Tang, X., Chen, L., Xiao, S., Zhang, Z., & Huang, L. (2023). Genetic dissection and genomic prediction for pork cuts and carcass morphology traits in pig. Journal of animal science and biotechnology, 14(1), 116.
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